جامعہ سلفیہ کے تمام انتظامی اُمور و معاملات جامعہ کی مجلسِ اعلیٰ چلاتی ہے۔ جو راولپنڈی مرکزی جمعیت اہلحدیث روالپنڈی کے نام سے رجسٹرڈ جماعت ہے۔ اس کا امیر ہی الجامعۃ السلفیہ ٹرسٹ رجسٹرڈ کا صدر ہوتا ہے۔اس وقت یہ اہم ذمہ داری حافظ شیخ محمد شفیق صاحب اپنے رفقاء کار کے تعاون سے نباہ رہے ہیں۔